Essa base que você mencionou não possui código-fonte, então é inviável implementar isso de forma descente.
Entretanto, aqui vai o que eu faria caso tivesse acesso ao source: primeiramente, criaria uma classe em C++ para a "PokéBag". Essa classe herdaria da classe padrão de contêineres do jogo, permitindo que funcionasse como um contêiner normal. Dentro dela, implementaria a lógica para inserir e remover somente Pokébolas. Se o código já tiver uma classe específica para Pokébolas, isso facilita bastante; caso contrário, seria necessário identificar as Pokébolas usando algum atributo do item ou outra forma de verificação.
Além disso, é necessário garantir que a PokéBag seja reconhecida como um novo item no jogo e adicionada dinamicamente ao inventário, com o mesmo funcionamento do "inbox".
Espero ter ajudado, boa sorte.